1、温度控制不当
市面上的纳豆机基本上在温度控制上都是40-42℃恒温控制发酵，因为纳豆菌的生长对温度有一定的要求，如果一台纳豆机控制不好温度，纳豆菌无法生长，自然不能发酵出好的纳豆。
2、发酵容器设计不当
纳豆机在发酵容器上变化不大，不是大盒就是小杯，这些没有关系，但关键是如何控制纳豆发酵容器的通气和保湿，有的甚至是整个发酵机是密闭的，这肯定是做不好纳豆的，因为纳豆菌是需氧型微生物，生长繁殖时需要大量的氧气，发酵容器密不透风又没有通风补氧功能的话，纳豆菌没法存活，怎么能做得出纳豆呢？
3、原料不好
不是每种黄豆都能做出纳豆的，做纳豆的黄豆一定是碳水化合物达到一定比例才适合的，很多朋友前几次能做成功，后面失败，就是因为前几次用的是买纳豆机赠送的黄豆，后面用自己的黄豆，黄豆质量不过关导致的。
4、菌种或发酵容器、发酵机被污染了
纳豆机制作纳豆前要经过清洁消毒，不然可能导致发酵过程中出现噬菌体，影响纳豆菌的正常发酵。
5、操作不当
使用纳豆机也是要注意方法的，用法不当，做不出好的纳豆是理所当然的，要按照纳豆机的使用说明和正确用法进行操作。