此條目劇情摘要未貫穿故事主軸，如迴避了關鍵情節或仅介紹了開頭。請以時序為綱簡單闡示劇情，交代故事始末和重要過程，让讀者了解作品大局。
遙遠的東方國家，日本國充滿了黃金宮殿與寶石。知曉此一事實的元國皇帝忽必烈派出大軍侵略，而日本國的軍隊卻使用「奇蹟之石」反擊。精華也被稱為奇蹟之石、賢者之石……
英格蘭女王為了掌握世界大權，持續與「日不落國」西班牙進行大規模的戰爭，不斷處於劣勢的女王與其支持者轉而依賴使用了精華的占星術與煉金術，命令海盜收集精華。透過這股力量，他們成功了擊敗無敵艦隊。但現在他們想將這個術法隱藏於世間。
日本戰國時期，豐臣秀吉逝世後德川家康與石田三成相互爭奪天下的故事。在得到島左近和大谷吉繼兩人的支援後，石田三成終於得以率領西軍與德川家康的東軍於關原展開大決戰，贏者將能夠統一日本全國。主角威廉也因此陷入了兩大勢力當中。
天下人太閤秀吉亡故，如今這個國家由兩位武士爭奪著霸權，一位是繼承豐臣遺志的石田三成，另一位是服部半藏的君主德川家康，家康任命服部半藏與西國大名們進行交涉，服部半藏前往九州。城鎮出現了鬼魅魍魎，大名們頭痛不已，服部半藏想借助威廉斬鬼的武藝，為交涉帶來良機。